Il Laboratorio di Chimica del Liceo Cotta è dotato di varie attrezzature tra cui appositi banchi piastrellati per gli esperimenti di gruppo. E' utilizzato ogni settimana dalle classi, che vi effettuano esperienze ed analisi quantitative e qualitative di chimica generale ed organica.
E' dotato di strumentazione elettronica, di un colorimetro, di bunsen di sicurezza, di cappa aspirante per le esperienze che liberano sostanze volatili, di armadi di sicurezza per la conservazione di sostanze infiammabili, di acidi e basi.